“核心构想”计划虽然失败，却为业界带来了新时代的曙光。在PC-E的众多周边中，意义最为深远的无疑是在88年推出的“CD ROM SYSTEM”。虽然单光碟机外设本身售价就高达3万多日元，不过在CD-ROM技术刚刚起步的当时，这一价格已经是同类产品中的最低水准。CD-ROM大容量与游戏的互动性相结合，带给当时的玩家以巨大的震撼力。虽然起步充满艰辛，以CD-ROM为代表的大容量、大制作的游戏新时代势不可挡的到来了……
首个CD-ROM RPG《天外魔境》
1984年广井王子前往纽约参加玩具展时，在当地的一家二手书店发现一本叫作《远东伊甸园》（FAR EAST OF EDEN）的书。这本小说是由Missourian博物馆东洋研究室第三主任Raul Hieronims Chader所著，广井王子对这本以西方人视点讲述古日本故事的小说十分喜欢。当时正从事于动画领域的广井王子决定以该书为题材制作一部动画片，不想却被版权所有方拒绝。碰巧当时在任天堂阵营极为活跃的HUDSON对这一题材也十分感兴趣，于是拉拢广井进入HUDSON制作游戏。当时广井本身对游戏并没有多大热情，不过对一些由动画改编的游戏十分喜欢，于是向HUDSON提出“制作一款像《超时空要塞》角色那样有魅力的游戏”。
由于是针对电脑平台开发的A·RPG，《伊苏》在手上拿着小草作方面十分简单，玩家几乎可以仅用方向键进行战斗。游戏在升级和角色成长系统上则遵循传统的经验值系统，与“塞尔达”相比更加注重情节发展。所有的这些并不是《伊苏》成功的主要原因，之所以引起玩家的关注，主要就在于游戏的技术表现。可以说，《伊苏》在利用CD-ROM大容量优势上甚至超越了《天外魔境》。其音乐表现在当时拥有突破性意义。除了画风之外，FALCOM游戏最大的优点就在于其出色的音乐。负责FALCOM游戏音乐制作的Sound Team J.D.K原本是由几个在校学生组成的电声乐队，他们在学校、酒吧、Pub等场所里演奏，创作了不少脍炙人口的摇滚乐曲。其后便被FALCOM相中，而进入该社创作音乐。《伊苏》PC-E版动感十足的音乐为该系列的流行做出了不可磨灭的贡献。另外游戏中的全程语音、大量动画、精美插画，也是仅有搭载CD-ROM的PC-E才可以实现，这款游戏与“天外魔境”一道促进了PC-E CD-ROM一体机的流行。
Mega CD由于自身普及量有限，在该平台上首先推出的《露娜：银河之星》并没有多高知名度。尽管在当时世嘉对该作的宣传也相当卖力，不过真正接触这款游戏的玩家并不多。其后Game Arts在SS和PS上推出了复刻版，虽然没有多大宣传，却因为自身超凡脱俗的品质而获得了巨大的成功。是一款“感动了100万人”的RPG经典名作。
Game Arts还在其后推出了资料片《露娜：永恒之蓝》，游戏更好的利用了Mega CD加大的内存和更快的卷轴速度，游戏画面更加细腻。此外游戏强化和战斗和目录系统，并且加入了一些新角色和村民。大受好评的动画、音乐也得以全面提升。可惜这款游戏也无力拯救没落中的Mega CD，世嘉为了应付任天堂和索尼的次世代主机而放弃了该平台，转而研发MD上的新一代强化外设SEGA 32X。不过这款主机尚未进入正轨又被世嘉放弃，转向32位主机SS的开发。
RPG 2D时代的终极辉煌——SFC
SFC似乎天生就是为RPG而设计的主机，在技术上这款主机并没有什么突出之处，其处理器主频甚至只有MD的一半，因此SFC上的游戏在卷轴速度、画面切换速度等方面无法与MD相比。不过由于这款主机的背景卷轴数达到MD的两倍，最大四层卷轴可以实现更多的画面效果。另外硬件发色数达到最大32769色，同屏发色数为256色，最高解析度可达512×448。表现在实际游戏中的效果就是游戏画面更加精美，不过画面移动速度更慢。当时世嘉在SFC发售后大力吹捧其具有高速卷轴速度的“SONIC”系列，很大一个原因就是讽刺SFC处理器的落后。不过SFC的这一硬件特性却为RPG打开了一片精彩的新天地，由于RPG本身根本无需多快的卷轴速度，游戏开发商们可以放手在该平台上制作大量画面精美而速度较慢的RPG，也正是由于这个原因，RPG在SFC时代开始呈现百家争鸣的盛世景象。
《龙战士》本名《火之气息》（Breath of Fire），之所以被成为“龙战士”乃是因为第一款游戏的副标题“龙之战士”，由于比较直观就被直接当作游戏的代称一直沿用至今。1993年，因为《街头霸王2》而家喻户晓的CAPCOM随着RPG潮流推出了一款RPG名作《龙战士》。该作开发始于1992年，当时正值CAPCOM的颠峰时期。91年《街头霸王2》在全球范围的巨大成功一直延续了一年多的时间，在这段时间内CAPCOM的名字几乎就等于格斗游戏。不过一向乐于突破的CAPCOM并不满足于单一领域的成功，于是便组织了以街霸制作人之一船水纪孝带头的项目组开发一款RPG新作。
“浪漫”是贯穿这款游戏始终的重要因素，虽然有人批判游戏中浪漫得有点糊里糊涂，不过不可否认游戏中精心营造的诸多经典场面如舞会邂逅、太空救援等确实具有让人终生难忘的魔力，在游戏中美丽到极致的CG MOVIE，以及王菲“Eyes on me”精美音乐的连番轰炸下，想必对该作最为嗤之以鼻的玩家也要忍不住偷偷的玩上一把了吧！
一款相当平庸却拥有极高知名度的游戏。为世嘉开发游戏多年的Camelot在PS发售之后就对这部主机的前景十分看好，在Camelot暗渡陈仓的加入SCE阵营之后，随即开始了游戏新作的策划。这款叫做《Beyond the Beyond》的RPG就成了Camelot的第一款PS游戏。作为一款PS游戏，《Beyond the Beyond》无论在游戏画面、音乐等方面都颇为平庸。在游戏系统上，Camelot试图将单调的RPG战斗做成游戏最富乐趣的卖点，因此战斗在游戏中就占据了很大的份量。游戏遇敌率之高相对于PS主机上其它游戏可谓十分惊人，更加可惜的是，Camelot制作一个有趣的战斗系统的初衷并未达成。游戏淡化了HP概念，强调其组合连续技的乐趣，并且采用让玩家自己控制的连击系统。不过这种颇具新意的战斗系统处理的并不成功，反倒是不少玩家抱怨游戏的战斗部分如同鸡肋。此外游戏中解迷要素太多而情节散乱也让人十分不满。
不过这样一款似乎没有什么优点的游戏却取得了相当大的成功。由于Camelot和SCE联合进行大规模的广告推广，并且请来当红女星出演广告，这款游戏成功的开拓了新的玩家群，销量超过30万套。而在美国，《Beyond the Beyond》更是美国人看到的第一款PS上的RPG。尽管各方面表现一般，作为一款32位机上的RPG，《Beyond the Beyond》依然让人印象深刻。
1996年底世嘉高层就已经认识到自己在32位机大战中败局已定，于是开始了128位主机的开发，希望通过在对手之前推出新主机从而在下一场主机大战中拔得投筹。1997年世嘉宣布与微软合作研制代号为“妖刀”的新主机开发计划，次年5月“Dreamcast”公布，确定采用微软的Widows CE 2.0手上拿着小草作系统。世嘉高层对这款主机充满诚意，98年世嘉在日本播出的一系列DC宣传广告就可以看出该公司对自身的反省。当时DC的系列广告由世嘉常务董事汤川英一主演，其中一则广告的广告语赫然就是“SEGA太过老土，还是PS来劲！”这种自勉的广告风格立刻让玩家油然生出又怜又爱的好感。
《龙战士》本名《火之气息》（Breath of Fire），之所以被成为“龙战士”乃是因为第一款游戏的副标题“龙之战士”，由于比较直观就被直接当作游戏的代称一直沿用至今。1993年，因为《街头霸王2》而家喻户晓的CAPCOM随着RPG潮流推出了一款RPG名作《龙战士》。该作开发始于1992年，当时正值CAPCOM的颠峰时期。91年《街头霸王2》在全球范围的巨大成功一直延续了一年多的时间，在这段时间内CAPCOM的名字几乎就等于格斗游戏。不过一向乐于突破的CAPCOM并不满足于单一领域的成功，于是便组织了以街霸制作人之一船水纪孝带头的项目组开发一款RPG新作。
《龙战士》的故事发生在一个虚构的星球。善良的白龙族以其智慧开创了辉煌的文明并与其他种族谋求和平共处。而黑龙族的祖神出于对白龙族强大力量的恐惧以及野心指使好战的族人发动了战争，一场历经数百年的浩劫由于女神的参战而以白龙族与其他种族的联盟以惨败而告终。残余的白龙族以寻常人类的形态困居在海边小村躲避着杀戮和毁灭，故事就在从这个宁静的小村开始。 从游戏的副标题就可以隐约看出《龙战士》与《勇者斗恶龙》之间的联系，CAPCOM在制作该作时也有着挑战DQ的意图。游戏中出现了类似史莱姆、柯布林等DQ经典怪物，不过除此之外与DQ的风格差异就相当之大了。游戏中每个主要角色都是各种神兽的变体，主角可以变身成各种形态的龙，尼娜可以变身成飞鸟，其他角色也有各自的变体。由于《街头霸王2》在美国的巨大成功，CAPCOM在这一市场上也拥有相当高的知名度。《龙战士》因此也得以在美国推出，游戏中春丽的客串登场让玩家颇感惊喜。不过奇怪的是该作在美国的发行商则是SQUARE，原因或许是因为SQUARE在此之前成功的在美国推出了《最终幻想4》。《龙战士》最终在日本卖出了50多万套，美国地区销量不明。
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吹响RPG新时代的号角——《最终幻想4》90年SQUARE婉拒世嘉的邀请，毅然全面加入SFC开发阵营，并即刻着手SFC上的软件开发。90年末SQUARE公布了FC平台上的FF4和SFC上的FF5，其后又决定停止FC软件开发，将FF4转到SFC平台。不久后SFC版上超高品质的FF4试玩版让玩家对这一平台产生浓厚兴趣，并大大促进了主机销量。91年7月《最终幻想4》发售，立刻引发排队购买的狂潮，游戏在短期之内销量即突破140多万套，而在当时SFC的拥有量仅为300万台。FF4最终销量达180多万套，开始真正成为与DQ同级的巨作系列。
FF4的舞台开始涉及外星球。主角赛西尔对巴隆国以力量压迫奴役他国的做法非常不满，因而将自己的想法转达给国王，不曾想却遭到追杀。于是塞西尔决定对抗巴隆国。不久之后，他遇到了为帝国搜集水晶的高贝兹。在高贝兹和四个魔王的带领下，帝国得到了四块水晶中的最后一块。但是帝国并没有完全胜利，因为在地下又发现了另外四个水晶！赛西尔和他的伙伴在地下旅行到了侏儒王的国度，但是高贝兹和魔王每次都比他们快一步。就在似乎完全没有希望的时候，沉没的飞空艇巨鲸号出现并将他们带到了月球。在那里月球居民的古老力量引导他们进入了月核去与史前恶魔Zemus战斗。
2D A·RPG颠峰之作——《塞尔达传说 众神的遗产》1991年11月，与FF4同时间公布的《塞尔达传说 众神的遗产》终于发售了。该作采用了当时正在兴起的电影叙事方式，被称为“宫本茂的电影”。游戏依然发生在海拉尔大陆，作为诸神的遗产，黄金三角成为守护海拉尔大陆的秘宝，但同时这种强大力量也成为孕育罪恶的源泉。游戏分为表里两层世界，一个是光明的海拉尔世界，另一个则是加洛多罗夫统治的黑暗世界。两个世界几乎拥有同样的地形，却有着极为不同的构造。游戏难度适中，增加了游泳、跳跃等动作，还加入了圆弧斩等十分爽快的必杀技。游戏中还加入了大量的隐藏事件和分支情节，体现了“塞尔达”一贯的探索乐趣。《众神的遗产》是2D A·RPG的颠峰之作，也是SFC上游戏的楷模。《FAMITSU》对该作的评分为39分，是SFC上游戏的最高分。
浪漫不起来的《浪漫沙加》GB上的三款“沙加”虽然销量呈递减之势，不过在SQUARE社内依然处于与FF平起平坐的重要地位。首次在家用机上登场的《浪漫沙加》凝聚了SQUARE不小的心血，然而这款集结第二开发部所有精英一年半开发时间的大作却没有得到应有的回报。 当时日本的各大游戏媒体对于《浪漫沙加》基本上都是众口一词的大批判，部分玩家也认为这款游戏只能算半成品。
不过除了平衡性失调之外，游戏其它方面都有上佳表现。战斗系统上首次用了阵型的概念，活用阵型可以起到事半功倍的作用。武器系统则将FF2的武器等级模式发扬广大，每件武器都有最高LV15级并大多有隐藏特性，必须努力将强力武器的熟练度升到最高。游戏采用了《梦幻之星3》的“世代传承”系统，初代四男四女八勇者可以根据玩家经过的游戏流程任意组合其后裔，父母的血统以及能力值高低将直接影响攻略难易度。游戏利用收集道具和完成事件来自由展开剧情，甚至消灭特定魔物也会引发事件，可谓十分有趣。
86年4月ATLUS成立之后主营业务是计算机软件开发，并在其后开始以街机销售为主体业务。随后该公司制作的《女神转生》两款作品受到人们喜欢，不过这两款游戏在当时一直是交由NAMCO代理发行。91年ATLUS正式加盟任天堂软件开发阵营，以一家独立公司的身份进入业界。于是原本打算定名为《女神转生3》的游戏就变成了《真·女神转生》，以纪念ATLUS的转型。
前两作就以其独特的风格而引起广大玩家的关注，这款SFC上的续作在加上“真”的标题之后，其世界观和游戏风格也变得更加诡异。游戏依然讲述神与魔的故事，神不再是圣洁无暇的神，魔也不是十恶不赦的魔。在严酷的生存环境下，分别以神与魔王为崇拜对象的两大宗教产生了。神许诺给人类至福的千年王国，而魔王则要阻止这个千年王国的建立。神有他善良的一面，同时他也在暗地里加剧自然环境的恶化。何为善，何为恶，任由玩家自己判断。
与游戏的副标题一样，DQ5最大的特点就是加入了结婚生子的概念。这样一种情节铺叙方式或许是来自于“梦幻之星3”。由于在此之前的DQ4中便已经出现了分章节的叙事方式，因此本作中这种“世代传承”的分章节式情节发展安排的相当自然。由于是在SFC上推出，DQ5的游戏画面终于有了一定的进步，战斗画面终于出现了漂亮的背景，魔法效果也相当华丽。不仅如此，DQ5中也首次引入交响乐作为游戏主旋律，给人以相当震撼的听觉享受。可惜的是，与同时期的《最终幻想5》相比，DQ的画面和音乐表现要落后许多。
作为DQ一向的痛处所在，本作在情节上依然无法与FF相提并论。最为该作最大噱头的爱情主题显得十分幼稚。在游戏中男主角跟随父亲身旁一同战斗，与女主角青梅竹马，经历了分分合合之后，最终男主角为了完成父亲的意愿，必须在女主角和其他人之间选择一名女子结婚生子。游戏在感情刻画上十分平淡，难以引起玩家的共鸣。或许这样一种“世代传承”的系统是一个诅咒，总之采用这种系统的游戏没有几个做得出色。不仅情节上无法引起共鸣，游戏系统也给人留下遗憾，劝说怪物成为伙伴等的设定如同鸡肋。虽然凭借DQ的名声有着不败的理由，《勇者斗恶龙5》发售当天虽然下起了不小的雨，不过遍布全国的狂热FANS们依然排队守候，引来了各大电视媒体的纷纷报道。尽管如此DQ5的最终销量还是不可避免的大幅下滑到两百多万套的水平，与FF的差距逐渐缩小。而玩家对于这款游戏的评价也普遍不高。
坂口博信曾向媒体透露，在FF8之前最喜欢的作品就是《最终幻想5》。在《勇者斗恶龙5》发售之后三个月，也就是92年12月，《最终幻想5》隆重登场。发售档期上的接近也可以看出FF与DQ正面对抗的决心，销量正稳步上升的FF从这款作品开始终于达到了DQ的水平。FF5最终240多万套的销量与DQ5的280万已经十分接近。
《最终幻想 神秘冒险》是FF历史上风格最奇特的一款作品——奇特到完全不能称之为FF。SQUARE相信一向喜欢快节奏动作游戏的美国玩家不会乐意把时间花在RPG繁琐的战斗上，因此《神秘冒险》的难度比美版FF4更低，价格也低到有足够的吸引力。SQUARE的出发点完全正确，不过在实际执行之时却出现了偏差。游戏根本让人不知所云！己方战斗队伍仅有两人，人物台词极其老套、情节乱七八糟、角色成长系统糟糕透顶……唯一值得称道的仅有游戏的音乐。因为FF4而喜欢上RPG的美国玩家们对本作失望透顶。多数美国玩家们依然沉浸在《真人快打2》暴力的愉悦之中。日式RPG在美国出师不利，以至于其后的FF5也因为种种原因而最终放弃推出美版。
《最终幻想 神秘冒险》的失败最主要原因在于SQUARE对美国文化的不了解，刚刚进入美国市场的SQUARE根本不了解当地玩家的喜好，仅仅根据自己的臆断就匆忙推出了一款不伦不类的作品。SQUARE并没有制作针对美国市场的游戏的经验，《神秘冒险》的开发也是先以日文进行，完成之后才翻译成英文。在美国市场推出一年之后，SQUARE在日本推出了其日文原版，并以“最终幻想USA”定名。不过SQUARE对这款游戏并没有做什么宣传，接触过这款游戏的日本玩家也没几个。
90年SFC发售之后，虽然多数FC时代的游戏厂商都参加了该平台游戏的开发，不过这款主机上游戏开发的高难度一直让广大第三方极为不满。任天堂因此与各大工具软件开发商推出了全新的SFC软件工具包，取代之前SONY的Work Station简化版。在1993年之后，SFC上游戏与之前有了明显的进步。这一进化的标志性作品就是93年8月的《圣剑传说2》。
《圣剑传说2》的故事发生在前作的15年后，玛娜骑士之子为阻止帝国再次企图控制玛娜力量的野心而与魔女布莉，妖精波尔两人展开冒险之旅。作为一款A·RPG，该作在剧情上完全达到了传统RPG大作的高度。从《圣剑传说2》开始，游戏标题中的“最终幻想外传”被正式除去，成为SQUARE打造的又一张王牌。《圣剑传说2》最终销量达150多万套，开拓了SFC上RPG的新阶段，是2D RPG迈向成熟的显著标志。
“沙加”系列最大的特点就是其多变性，每一款“沙加”总是给人完全不同的游戏感觉。在《浪漫沙加》惨遭恶评之后，SQUARE决定将制作阵容来个大换血，以完全不同的形态推出续作。《浪漫沙加2》拥有FF同等级的梦幻阵容，坂口博信、北濑佳范等FF主力制作人也加入到该作制作中。因此在《浪漫沙加2》中出现了完全不同的、可喜的变化。
《浪漫沙加2》最终销量突破120万套，是在《圣剑传说2》之后的又一个重大收获。拥有三大游戏品牌的SQUARE逐渐拥有了可以左右业界发展方向的实力，在次世代主机续时待发的93年，SQUARE和ENIX作为任天堂的左臂右膀，其走向直接关系到次世代主机大战的战局。
《火焰纹章：纹章之谜》于1994年1月21日发售。考虑到前作的发行量并不不是很大，为了让玩家更好的了解系列故事，Intelligent Systems将游戏分为上下两个部分，上半部分为《暗黑龙与光之剑》的复刻版，其中删节了次要的人物和情节。下半部分《英雄战争》则是接续前篇故事发展的新作。本作还首次引入了双重结局的设计，如果在第二部收集全部星之碎片就可以进入与暗黑龙决战的完美结局，否则就只能在第二十章和哈汀决战。作为一款S·RPG，该作在人物心理的细腻刻画方面比起正统RPG当仁不让，尤其是莲娜公主悲剧性的命运更是令不少玩家感叹不已。日本著名影视红星裕木奈江曾表示对“纹章之谜”十分着迷，并对莲娜公主的遭遇数次落泪。《FAMITSU》主编浜村弘一称赞该作为：“荷马史诗般的战争、歌德笔下哀怨感人的爱情结合成了完美之作！”
在任天堂的卖力宣传之下，《火焰纹章：纹章之迷》获得了75万套的销量。《FAMITSU》也给出了36分的高分评价，这也是系列史上的最高评分。《纹章之迷》是“火焰纹章”系列历史上影响力最大的一款作品，在该作发售之后，日本不少杂志编辑和游戏铁杆迷组成了“F·E教”，并由加贺昭三本人担当“教主”。
前作讲述了秩序与非秩序的概念，该作则描写极端追求秩序带来的危险性。与前作相比，《真·女神转生2》是一款在规模上大幅强化的作品。游戏剧情更加庞大丰富，讲述人们在宗教的号召下终于走到了一起，在等待救世主降临的同时用双手建造千年王国，然而身为救世主的主角降临时却为千年王国敲响了丧钟。游戏中恶魔的特技、魔法数量达到了6种，并且可以通过合体继承魔法。不过前作中遗留的平衡性问题依然没有得到解决。
与《真·女神转生2》同年，《真·女神转生if》也发售了。这是一款外传性质的作品，游戏一反以往有关整个世界的庞大背景，将故事主题集中于平常生活。假如现在的世界不再是现在那样，假如恶魔现世，那原本平静的世界会是怎样？就在这样一个个“if”的假设之下，一款更加细腻的“女神转生”诞生了。游戏中玩家有四种不同的选择，并将由此展开四个各不相同的剧本。游戏中有了更多的人物心理的描写，虽然没有那种气势磅礴的感觉不过却很能引起玩家的共鸣。
对于国内玩家而言，SFC上人气最旺的应该就是《最终幻想6》吧！
投资10亿日元，集结60人梦幻制作团队制作的《最终幻想6》体现了新时代游戏大规模协作的制作流程。这款史诗般的RPG巨作绝非FC时代小工作室们的小作品可以比拟，SQUARE为FF6特地开发了一套全新的图形引擎，将SFC的硬件机能发挥到极致。从该作的各方面表现也可以看出，史克威尔的市场定位已经转向高年龄层玩家。在FF6中出现的自杀、早孕、精神扭曲等成人化问题以及对于人物心理的细致描写已经不是低龄玩家所能理解。FF6对人物性格的刻画堪称FF史上最强，登场的14名主要角色个个都性格丰满。史上最具个性的反派角色基夫卡、最痴情的男子洛克、表面敌对却手足情深的费加罗兄弟……几个细微的动作、几句简单的台词，一个个性格鲜明的角色就这样活生生的展现在玩家眼前。系统方面，凝聚着幻兽之力的魔石系统取代了以往的水晶系统。游戏通过角色装备魔石来战斗，并可学习到魔石里隐藏的魔法乃至召唤幻兽，幻兽的种类达到了27个。
《最终幻想6》发售之后，SQUARE转眼成为日本最活跃的软件开发商，其经过多年积累的高超技术实力让业内人士艳羡不已。另一方面，ENIX在技术实力上开始逐渐落后于时代。由于采用游戏代理体制，ENIX多数游戏都是外包给游戏开发商，自社的开发队伍仅有30多人，并且这一开发组在业内的水平只属一般。为了制作一款技术上超越FF的最新DQ作品，ENIX沉寂了数年。《勇者斗恶龙6》经过数次延期终于在前作的四年之后，也就是1996年年末上市了。
《勇者斗恶龙6》有相当明显的借鉴FF的痕迹。首先是在情节上开始变得更加复杂，崛井雄二试图彻底改变DQ一向最受人诟病的角色性格塑造，并通过描述人物对自身的反思表达矛盾复杂的心理变化。不过与角色塑造登峰造极的FF6相比确实还有相当大的差距。游戏还将系列系统做出大整合，DQ6游戏的自由度前所未有的扩大，且重新将DQ3中独特的“职业”系统再度加强，增加了象FF系列一样的职业技能和修炼经验值，既加强了游戏的耐玩性也解决了DQ系列升级枯燥的问题。不过该作难度实在太高，不仅遇敌率太高，敌方的虾兵蟹将也变得强大无比，玩家一不注意就要被小兵当场击毙。不过崛井雄二对此有自己的说法，在接受杂志采访时崛井宣称：“不是DQ6太难，而是近期的游戏太简单。”尽管存在诸多的不足，作为国民RPG的DQ总是不用发愁销量问题，由于与前作已经相隔四年，日本玩家对DQ6的期待程度已经达到了极致，该作也因此获得了320万套的销售成绩，是日本游戏史上第15大最畅销游戏。
在游戏产业称霸了十几年的任天堂在次世代主机之战中开始显得疲倦不堪，首先是在CD-ROM技术已经完全成熟的当时，任天堂主机的卡带媒体不仅造价高昂、容量太小，而且制造周期相当之长（一个月左右）。另外，由于卡带的生产周期问题，任天堂在零售体系上采用卖断制，零售商只能一次订货，这也大大限制了游戏销量的进一步提升。《圣剑传说3》就成为任天堂经营弊端的一个牺牲品。由于该作在临发售前发现重大BUG，加上任天堂的卡带产能问题不得不推迟三个月发行，白白错过了暑假的销售旺季。《圣剑传说3》销量仅为80万套，不及预想中的一半。碰巧在此之前任天堂正式公布了后续机种N64，该平台仍将采用卡带媒体！对于早在SFC时代就开始研发CD-ROM游戏的SQUARE而言，这无异于当头棒喝。在SCE的暗中拉拢下，SQUARE开始悄悄的萌生异心……
从游戏本身品质而言，《圣剑传说3》的表现令人满意，画面上的进化自不必说，该作的情节深度也体现了SQUARE的深厚功底。游戏采用多重线路，以多个视角阐述游戏主题。六名主要角色由于各自的目的而展开冒险，而根据所选主角的不同最终BOSS也将有所不同。唯一的缺憾是由于SFC主CPU运算能力的不足，SQUARE为了突出游戏精美画面而损失了流畅性，每秒帧数严重不足，游戏经常出现跳帧现象。
《浪漫沙加3》是全系列销量最高的作品，不过却是一款半成品。出于发售档期的整体安排考虑，SQUARE大幅删节了游戏内容，游戏剧本上半部分十分充实，而到了下半部分却令人莫名其妙。大世界地图上还残留有删除部分区域后留下的痕迹。不过游戏原案则是一部十分出色的作品，前作中出现可与专业SLG媲美的治国系统更臻完善，并加入了商会经营等经济模拟系统。游戏在平衡性上做出了调整强化了“技”的重要性，前作中“时间停止”之类明显破坏平衡性的“术”被取消或弱化。情节上，玩家在该作中将扮演领主、开拓者、流浪汉和出奔少女，从多个不同角度身临其境般体验整个动荡的时代。游戏画面上比之前的《圣剑传说3》有所进化，开头一段少女骑马飞奔的场面是SFC上数一数二的经典镜头。由于其出色的画面表现和耐玩的系统设计，该作在FANS中的口碑相当不错，其135万套的销量也在一定程度上弥补了《圣剑传说3》的损失。
处于SFC末年的95至96年间同时也是该平台上大作最为频繁的时期，由于PS、SS在日本逐渐蚕食原本属于任天堂的市场份额，为了保卫自己的阵营，任天堂联合广大第三方推出了一大批已经完全成熟的SFC游戏。不过《火焰纹章：圣战的系谱》作为当年度最佳SFC游戏的第二名，却是一款毁誉参半的游戏。
经统计购入游戏的玩家中，真正通关的不足五分之一。另外战术打法死板、在大地图上进行小战斗、硬性规定行军路线等设定缺乏人性化，此外当时任天堂为了给即将发售的N64造势要求开发商赶工制作。《圣战的系谱》未经测试便匆忙推出，导致游戏BUG太多。事实上当时为了让《圣战的系谱》按时推出，任天堂的横井军平在视察计划书时大幅删掉了100多页，而其它部分也做了一定简化。因此玩家们看到的《圣战的系谱》仅仅是一款不完整的作品。这一事件也导致了加贺昭三与任天堂关系的交恶，最终这位“纹章之父”愤然离开了任天堂并开办了一家自己的公司，其后还因为“泪之腕轮”传说与任天堂对簿公堂。
