消灭了怪物后,塞罗亦将叶月的父亲救了上来。原来他们父女俩是来自巴尔美基亚大陆(バルメキア)的远东村(ファ-イ-スト村,《Shining the HolyArk》中忍者之村),为了找其弟子亚夏而来此,但路过运河上游时见盗贼们正在破坏铁路桥,两人看不过去上前与其争执时被打落河中。因为伤势过重,叶月的父亲没过多久就咽气了,临死前叮嘱女儿要好好地跟随米狄奥王子。强忍住悲痛的叶月随着米狄奥军上路,出得洞窟时已经是半夜了,众人便到附近兰塞德村(ラインサイド)歇脚。次日,米狄奥他们发现加赞鲁将军与共和国埃丘亚鲁将军竟然同宿于此村中!且两军一大清早就出发,联手去伏击辛比奥斯军!于是,米狄奥决定前去帮助辛比奥斯。在此村中一间民房内可找到鸡食,拿去喂笼中的一只母鸡,它就会跟着你走。
米狄奥军穿过群山时已经是明月当空,正巧前方有一村庄可以休息。但众人行至村口就感觉到一股诡异的气息,此时布尔扎姆教的高利亚德祭司(ゴリアテ)率领其手下出现在米狄奥面前。不过,高利亚德另有任务在身,没空和米狄奥军纠缠。他甚至还向众人询问是否见过一12岁左右银发的少年,并告诉米狄奥他们在搜寻的这个人名字叫“古拉西亚”(グラシア),是因贝达(インベ-タ)族的末裔!看到这里各位大概也明白了,此番《SHINING FORCEⅢ》的时代设定是紧接着《Shining the HolyArk》之后的。按其所言“灵魂” (スピリット)有阳的因贝达(イノベ-タ)和阴的休多鲁(ヒュ-ドル)两面,是善与恶混合的力量之源,乃创造主审查人类繁荣资格的道具。千年以前,继承了“灵魂”的人类,被力量所迷惑,形成了阴的休多鲁,建立了千年王国,最后被阳的因贝达所灭。被选中的人类继承“灵魂”的传承仪式(イボリュ-ション仪式)是在方舟内的圣棺前举行。而在《Shining the HolyArk》中,继承“灵魂”成为“因贝达”的主角亚瑟(ア-サ-)、罗狄(ロ-ディ)他们与攻击圣舟、企图夺取休多鲁力量的莉莉克斯(リリクス)等人交战,最终拯救了圣舟。另外,根据第一剧本中第三主角朱利安所说,《Shining the HolyArk》中的安利基王国(エンリッチ)在十年前已经灭亡了,而他就是从该国长途跋涉至此的,难不成朱利安与亚瑟、罗狄他们有什么关系吗?
冈费兹死亡后,赫多芭亦恢复理性。此时狄丝赫玲竟然又出现了,好战的她其实根本就没有离开,她还夸耀以其强大的力量来虐杀弱小,是件非常愉快的事情。突然有人插嘴说狄丝赫玲自己也是弱小的人类,被人这样一说她自然火冒三丈,但当她看到说话的那人身上所散发出强大的负之力时,立刻象斗败了的鸡似得垂下头不敢吭声。来者正是艾尔贝塞姆守护像被破坏时替辛比奥斯解围的休多鲁族的加尔姆(ガルム,曾在《Shining the HolyArk》中出现过,是个亦正亦邪的人物)!加尔姆吓退了狄丝赫玲后,见过米狄奥并说布尔扎姆教之所以令世界坠入混乱,是为了让其首领休多鲁族的布尔扎姆复活。现在,为了充满正之力量的“贝塞姆之杖”,他们要到艾尔贝塞姆去。待其离去后,赫多芭加入队伍,众人穿越树海,来到巴兰多城前的平原上。
消灭了假面僧后,众人行至狄斯特尼亚港町。照例大肆搜刮一番,在酒场屋后的宝箱中有帝都遗迹的地图,还可以参观一下米狄奥王子的母亲家,并得知美玲达(メリンダ)原来有一恋人,但当她在造船厂劳动时被皇帝看中并带入宫中后,其恋人就跳海自尽了。不知各位是否还记得在前两个剧本中曾有位洗衣服的骑士亚瑟(ア-サ-,此亚瑟与《Shining the HolyArk》的主角亚瑟完全没有关系,只是同名而已。)?据说十几年前他被海水冲到萨拉班多附近的岸上,但却丧失了记忆,难不成……?!与制炼所内一老人交谈,他便会释放关在里面的三个狄斯特尼亚士兵,便可入内取得宝物“加速靴”。考虑到下一场战斗的关系,还是不要释放这三个士兵为好,“加速靴”则等解放帝都后再来拿也不迟。最后至教堂,其神甫斯卡拉(スカラ-)乃反帝国活动组织的首领,虽然是反对帝国的暴政,但斯卡拉亦不愿眼看着自己的国家被邪教占领。闻知朱利安他们要去对抗邪教僧,躲在教堂里的公主伊莎贝拉(イザベラ)与其侍女布丽吉特(ブリジット)加入队伍中。伊莎贝拉公主的母亲曾是修女,亲生母亲死后就由米狄奥的母亲美玲达抚养大,因此十分担心在帝都内美玲达的安危。(如果队伍中有埃丘亚鲁将军的话,伊莎贝拉公主要在第三章方能加入。)
亚夏临死时很不甘心,他们兄弟三人好不容易从最强的忍者罗狄(《Shining the HolyArk》中的角色,与亚瑟一同旅行并且被“灵魂”附身成为伊诺贝达。)处领悟到三位一体,并且为了修炼此功夫还冒险杀害了远东村的族长。三人流浪至狄斯特尼亚帝国,成为皇帝所重用的忍者,然而现在一切的功名利禄皆离他们远去,此时再想起当时被罗狄压倒性的强大所制服后对方的教诲,亦是太迟了。被关押在洞窟中的军师帕尔西斯(パルシス)等人亦被释放,但是从他们口中得知解除辛比奥斯所中的法术只有亚夏一人!正当众人手足无措时,神秘少女简再度出现,她用其负之力将冰融化后,古拉西亚赐予辛比奥斯贝塞姆杖的祝福,总算将他从鬼门关又拉了回来。告别了简后,众人回到多尔曼特村,让辛比奥斯泡在温泉中治疗。此时,外出打探消息的顿荷特大惊失色地飞奔入内:“就在我们回村的时候,米狄奥的军舰已经越过此地往雷蒙德斯特之都去了!更糟的是近卫杀手的军舰正紧追其后!”事不宜迟,朱利安军只得留下尚未恢复过来的辛比奥斯军,火速营救米狄奥军。