在经过了连续多次的战乱之后,地球的环境日益恶化而荒废。人类为了实现移居月球的计划而开始建造月球通道,这项计划便称为「雅科布计画」,并且在轨道输送带完成后开始正式执行。同时间许多的「新世代思考型机器人」也为了建设基地而被送往了雅科布基地。
然而,在一次轨道输送货柜墬落的意外中,艾克斯竟然意外的发现一批新世代思考型机器人拥有着複製 DNA 晶片的能力。更危险的是,这批思考型机器人竟然能够轻易地複製了应该已经被完全消灭的「西格玛」的 DNA。
而紧接着各地也纷纷传出了新世代思考型机器人发生暴动的事件,到底各地的骚乱只是单纯的暴动?或者是西格玛的黑影试图藉由複製 DNA 来感染新世代思考型机器人以悄悄复活?宇宙开发盛行的背后与新智慧型机器人的大量生产是否隐藏着不为人知的阴?#092;?
为了找出幕后的真相并且平定各地的动乱。艾克斯再次带领着杰洛和艾克赛尔展开了通往宇宙的冒险。